Découverte de ImageJ
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ImageJ & Fiji
ImageJ est un logiciel open-source d’analyse d’images développé à l’origine par le National Institutes of Health (NIH) aux États-Unis. Il est disponible gratuitement pour Windows, macOS et Linux. Il offre une large gamme de fonctionnalités pour l’analyse et le traitement d’images, y compris la mesure, la segmentation, la quantification, la visualisation et la création d’images composites. L’une des caractéristiques les plus puissantes d’ImageJ est sa flexibilité. Il prend en charge un grand nombre de plugins et d’extensions développés par la communauté, ce qui permet aux utilisateurs d’ajouter des fonctionnalités spécifiques à leurs besoins.
Fiji, ou Fiji Is Just ImageJ, est une distribution d’ImageJ (plus exactement de ImageJ2) qui comprend ImageJ lui-même ainsi qu’une série d’extensions, de plugins et de bibliothèques préinstallés. Il est également open-source et gratuit. Fiji est conçu pour faciliter l’installation et la mise à jour des plugins, ce qui simplifie la gestion des fonctionnalités supplémentaires. Il propose une interface utilisateur améliorée et plus cohérente par rapport à l’ImageJ de base, ce qui le rend plus convivial pour les utilisateurs qui préfèrent une expérience utilisateur plus moderne.
Installation
L’installation de Fiji est très simple. Suivez la procédure décrite sur https://imagej.net/software/fiji/downloads.
L’interface principale
L’interface principale de Fiji n’apparaît pas, au premier regard, d’une grande modernité (Figure 2). Elle est à la fois minimaliste mais très puissante puisque qu’elle donne accès à toutes les fonctionnalités du programme via cette fenêtre qui comprend 4 zones: la barre de menu (reportée en haut de l’écran sur Mac OS), les boutons des outils, la barre de statut qui affiche des informations sur les outils actifs ou lors du survol d’une image avec la souris et une zone de recherche textuelle facilitant l’accès aux outils.
La zone de recherche
En fonction de leur nature, les différents outils et les différentes commandes qui peuvent être utilisés sont dispersés dans les différents menus et sous-menus de l’interface. Souvent, une même opération peut être réalisée avec des outils ou commandes fournies soit par Fiji lui-même, soit par un plugin ou une macro ajoutés ultérieurement par l’utilisateur. Il peut donc être parfois laborieux de retrouver un outil particulier. La zone de recherche facilite grandement l’accès à tous les outils sans devoir naviguer dans l’arborescence complexe des menus (Figure 3).
La barre d’outils
La barre d’outils contient essentiellement les outils de sélection qui servent à délimiter des zones sur une images: l’outil de sélection de rectangle, d’ellipse, de polygone, à main levée et de ligne droite. En cliquant sur l’icône, vous activez l’outil. Certains outils proposent des boîtes de dialogue d’options que vous pouvez ouvrir en double-cliquant sur l’icône. La figure 4 montre la boîte de dialogue d’options de l’outil Ligne. Un clic droit fait apparaître un menu permettant de sélectionner le type de ligne à tracer (fonction disponible pour tous les outils disposant d’une petite flèche rouge dans le bouton), tandis qu’une double clic ouvre une boîte de dialogue permettant de régler l’épaisseur ou de régler le comportement du tracé (ajustement de type ‘spline fit’).
La barre de statut
La barre de statut affiche des informations contextuelles sur l’utilisation de l’outil actif, sur la progression des opérations pour les processus longs, les plugins ou les macros. Un simple clic sur la barre affiche les informations sur la version de Fiji et le niveau de mémoire utilisé par le programme.
